BIOINFORMÁTICA
GRADO EN BIOTECNOLOGÍA
Curso 2023/2024
1. Datos de la asignatura
(Fecha última modificación: 31-05-23 12:55)- Código
- 109527
- Plan
- 2020
- ECTS
- 6.00
- Carácter
- OBLIGATORIA
- Curso
- 3
- Periodicidad
- Segundo Semestre
- Idioma
- Castellano
- Área
- LENGUAJES Y SISTEMAS INFORMÁTICOS
- Departamento
- Informática y Automática
- Plataforma Virtual
Datos del profesorado
- Coordinador/Coordinadora
- Luis Antonio Miguel Quintales
- Grupo/s
- 1
- Centro
- Fac. Biología
- Departamento
- Informática y Automática
- Área
- Lenguajes y Sistemas Informáticos
- Despacho
- D4103 - Facultad de Ciencias
- Horario de tutorías
- Lunes y martes de 15:30 a 18:30
- URL Web
- http://diaweb.usal.es/
- lamq@usal.es
- Teléfono
- 6557
2. Recomendaciones previas
Reunir las competencias de las asignaturas siguientes: Informática, Probabilidad y Bioestadística, Genética y Genética Molecular.
3. Objetivos
Conocer el inmenso volumen de información biológica que se encuentra disponible en distintas bases de datos, así como tener las destrezas necesarias para poder consultar y acceder esta información, interrelacionando y sabiendo elegir las fuentes adecuadas en cada momento.
Conocer las distintas aplicaciones de la bioinformática a la biología molecular, medicina, biotecnología y otras disciplinas.
Conocer las principales técnicas y herramientas bioinformáticas que se utilizan hoy en día, comprendiendo los fundamentos algorítmicos en que se basan, así como tener las destrezas para utilizarlas y aplicarlas adecuadamente al análisis de datos biológicos.
4. Competencias a adquirir | Resultados de Aprendizaje
Básicas / Generales.
Usar las principales bases de datos (biológicos y bibliográficos) de interés en Biotecnología aplicando las herramientas bioinformáticas más adecuadas.
Específicas.
Capacidad para buscar, interpretar y analizar bioinformáticamente datos obtenidos de la experimentación en distintas ramas de la Biología, Genómica y Biotecnología en general.
Transversales.
Capacidad de organización y planificación.
Conocimientos de informática relativos al ámbito de estudio.
Capacidad de gestión de la información.
Resolución de problemas.
Aprendizaje autónomo.
Adaptación a nuevas situaciones.
5. Contenidos
Teoría.
Parte I. Análisis de secuencias biológicas de DNA, RNA y proteínas
1. Alineamiento de pares de secuencias
2. BLAST y otras búsquedas avanzadas
3. Alineamiento de múltiples secuencias
4. Predicción filogenética
Parte II. Análisis de genoma completo
5. Genotipado, GWAS y PRS
6. Análisis de datos de secuenciación masiva
7. Resecuenciación dirigida: exomas y paneles de genes
8. Análisis de expresión diferencial: RNA-seq
9. Ontologías de genes y análisis funcional
10. Ensamblaje de genomas
6. Metodologías Docentes
Clase magistral: Presentación de los contenidos teóricos del programa mediante la exposición oral, utilizando como apoyo presentaciones con ordenador. Todo el material presentado estará disponible con antelación en la plataforma online.
Seminarios y clases prácticas: Propuesta, resolución y discusión de ejercicios prácticos, en que se expondrá el funcionamiento básico de distintas técnicas/herramientas bioinformáticas que posteriormente deben utilizarse para la resolución de los ejercicios obligatorios propuestos.
Trabajo autónomo del alumno para estudiar, buscar bibliografía y preparar los ejercicios prácticos que se planteen.
El alumno dispondrá en todo momento de la ayuda de la plataforma online en que podrá encontrar todo el material de la asignatura, así como las referencias bibliográficas o de otro tipo que puedan ayudar al estudio de la asignatura.
Tutorías personalizadas para la resolución de dudas.
7. Distribución de las Metodologías Docentes
Previsión de distribución de las metodologías docentes (Fecha: 29-06-22)8. Recursos
Libros de consulta para el alumno.
Bioinformatics and Functional Genomics, Third Edition, Jonathan Pevsner, Wiley-Blackwell, 2015.
Otras referencias bibliográficas, electrónicas o cualquier otro tipo de recurso.
Aparecerán en la sección correspondiente de la asignatura en la plataforma de docencia online de la Universidad de Salamanca
9. Evaluación
Consideraciones generales.
Deben reunirse las competencias relacionadas con la utilización práctica de las herramientas más habituales del ámbito de la bioinformática, comprendiendo adicionalmente los conceptos teóricos en que se basan.
Criterios de evaluación.
Evaluación continua: 30%
Entrega de un cuaderno de prácticas con la resolución de los ejercicios que se propondrán a lo largo del curso.
Examen final: 70%
Examen tipo test con preguntas tanto de la parte teórica como de la parte práctica.
Recomendaciones para la evaluación.
Asistir regularmente a las clases teóricas. Estudio autónomo. Utilización de las tutorías para la resolución de las dudas que se planteen.
Asistir a las clases prácticas y realizar los ejercicios propuestos, utilizando los seminarios y las tutorías para la resolución de las dudas que se planteen.
Recomendaciones para la recuperación.
Estudio en profundidad de la materia consultando la bibliografía propuesta y los materiales presentados en la plataforma online. Entrega del cuaderno de prácticas.