3.1: Competencias Básicas:

CB1: Trabajar correctamente en un laboratorio utilizando las metodologías más adecuadas para la manipulación de reactivos y aparataje, el registro anotado de actividades, la seguridad, y la eliminación de residuos.

CB2: Gestionar información científica de calidad, bibliografía, bases de datos especializadas y recursos accesibles a través de Internet.

CB3: Diseñar, realizar y analizar experimentos mediante la aplicación del método científico.

CB4: Integrar creativamente conocimientos y aplicarlos a la resolución de problemas biológicos.

Competencias generales:

CG1: Conocer los fundamentos de la Genómica y Proteómica.

CG2: Conocer las técnicas que utilizan la Genómica y la Proteómica.

CG3: Conocer las aplicaciones de la Genómica y la Proteómica en el campo de la Biotecnología y la Biomedicina.

3.2: Competencias Específicas:

CE1: Conocer los métodos generales de secuenciación y los procedimientos empleados en la secuenciación de genomas.

CE2: Conocer los métodos y procedimientos que se emplean en el campo de la genómica funcional y comparada.

CE3: Conocer, a nivel de usuario, las bases de datos de secuencias, genomas, y proteomas, así como las herramientas bioinformáticas básicas en la búsqueda y caracterización de secuencias.

CE4: Conocimiento de  las  tecnología  y  metodologías experimentales utilizadas en  el análisis proteómico y las herramientas bioinformáticas.

CE5: Capacidad de interpretación de los resultados de los diferentes tipos de análisis.

CE6: Capacidad de aprovechar las  metodologías proteómicas para  dar  respuestas a problemas biológicos.

CE7: Conocimiento de las limitaciones de la información proporcionada por los diferentes análisis proteómicos y capacidad de análisis crítico de ésta.

3.3: Competencias Transversales:

CT1: Desarrollo de habilidades de lectura, síntesis y exposición de información científica.

CT2: capacidad de diseño de experimentos de biología de sistemas.

CT3: Desarrollo de habilidades bioinformática

CONTENIDOS TEÓRICOS:

Genómica:

1. Estructura de los genomas.

2. Secuenciación de genomas.

3. Análisis de secuencias genómicas.

4. Pangenómica y metagenómica.

5. Bases de datos genómicos

5. Transcriptómica

Proteómica:

Los principales bloques temáticos son:

1.   Introducción a la Biología de sistemas y la Proteómica.

2.   Tratamiento de las muestras para los estudios proteómicos.

3.   Electroforesis bidimensional en gel.

4.   Separaciones multidimensionales.

5.   Espectrometría de masas.

6.   Bases de datos en los estudios proteómicos.

7.   Proteómica cuantitativa.

8.   Arrays proteicos.

9.   Proteómica y Biotecnología.

10. Proteómica y Biomedicina. Búsqueda de biomarcadores.

CONTENIDOS PRÁCTICOS

Genómica:

(En el aula de informática o formando parte de seminarios):

Ensamblaje de novo de genomas

Análisis metagenómico genomas

Análisis de SNPs (single nucleotide polymorphisms)

Análisis transcriptómica con datos RNA-Seq

Análisis metagenómica

Proteómica:

Preparación, cuantificación y visualización de muestras proteicas.

Programas informáticos de análisis proteómico.

Identificación de microorganismos mediante MALDI-TOF.

SEMINARIOS

Espectrometría de masas MALDI-TOF para la identificación de microorganismos.

MALDI-Imaging.

Presentaciones  de  los  trabajos  realizados  por  los  alumnos  sobre  publicaciones  recientes  de proteómica.

• Introduction to Genomics, 3º ed. Arthur M. Lesk. Oxford University Press 2017.
• Principles of proteomics, 2º ed. Richard M Twyman. Garland science, 2014.
• Introducing proteomics: From concepts to simple preparation, mass spectrometry and data analysis. Josip Lovric, Wiley-Blackwell, 2011.
• Introduction to Proteomics: Principles and applications. Nawin C. Misra, W iley, 2010.

Recursos web:

• http://www.hupo.org/
• http://www.eupa.org/
• http://www2.cbm.uam.es/seprot/
• http://www.genebio.com/

8.1: Criterios de evaluación:

8.2: Sistemas de evaluación:

1. La realización de las prácticas es condición necesaria para superar la asignatura. Las clases prácticas de laboratorio se evaluarán de forma continua controlando el desarrollo de las mismas, así como del análisis de resultados. En el examen escrito se incluirán cuestiones relativas a las prácticas.

2. Se evaluarán las actividades realizadas en los seminarios.

3. Cuestionarios online periódicos para el seguimiento del aprendizaje teórico y práctico.

4. Se realizará una prueba escrita al final del semestre para evaluar la asimilación de conocimientos teóricos. Para superar la asignatura, será necesario superar el 50% de esta prueba.

8.3: Consideraciones generales y recomendaciones para la evaluación y la recuperación:

Recomendaciones para la evaluación

1. La realización de las prácticas es condición necesaria para superar la asignatura. Las clases prácticas de laboratorio se evaluarán de forma continua controlando el desarrollo de las mismas, así como del análisis de resultados. En el examen escrito se incluirán cuestiones relativas a las prácticas.

2. Se evaluarán las actividades realizadas en los seminarios.

3. Cuestionarios online periódicos para el seguimiento del aprendizaje teórico y práctico.

4. Se realizará una prueba escrita al final del semestre para evaluar la asimilación de conocimientos teóricos. Para superar la asignatura, será necesario superar el 50% de esta prueba.

Recomendaciones para la recuperación

En caso de no haber superado la convocatoria ordinaria, sólo se conservará la nota de las prácticas y de los seminarios, debiéndose repetir en la convocatoria extraordinaria la prueba escrita objetiva hasta superar la asignatura. En caso de no haberse realizado las prácticas o seminarios, se hará una prueba específica sobre los mismos en la convocatoria extraordinaria.